Il est né le 9 février 1959 à Brazzaville, au Congo et a fait ses études secondaires au Collège Sainte-Croix de Neuilly-sur-Seine en France et s’inscrivit à la faculté de droit dès l’obtention de son baccalauréat. C’est au milieu des années 90 qu’il entre dans les allées du pouvoir en qualité de représentant personnel de son père Omar Bongo Ondimba avant de se constituer un solide réseau.
En 1989, il entre au gouvernement en qualité de ministre des Affaires étrangères. Mais la nouvelle Constitution datant de juin 1991 précise que les membres du gouvernement devront être âgés d’au moins 35 ans.
Ce n’est pas son cas. Ali Bongo Ondimba démissionne. Président du conseil d’administration (PCA)de l’Office des Ports et Rades du Gabon (OPRAG), Ali Bongo Ondimba anime depuis, le courant des rénovateurs au sein du Parti démocratique gabonais (PDG- au pouvoir).
Mais son départ forcé du gouvernement en 1991 va porter un mauvais coup aux jeunes loups dont il fait partie. En 1996, Ali Bongo Ondimba et ses amis misent sur les élections législatives pour revenir au gouvernement.
Peine perdue. Candidat à la députation à Bongoville, dans le sud-est du Gabon, Ali Bongo Ondimba vient disputer la suprématie régionale avec le général Idriss Ngari, un des proches du président, ancien ministre de la Défense, ancien ministre des Travaux Publics et qui détient actuellement le portefeuille de la Santé publique et de l’Hygiène publique dans le gouvernement de Jean Eyeghe Ndong.
Cette lutte d’influence entre les deux hommes de génération différente ( Idris Ngari est né le 2 avril 1946 à Ngouoni, dans le Haut-Ogooué) va se poursuivre jusqu’ en février 1999. Ali Bongo Ondimba est nommé ministre de la Défense, en remplacement de Ngari, « muté » aux Transports.
En janvier 2002, le fils du président Bongo Ondimba est reconduit...jusqu’à ce jour. En dehors du champ politique, Ali Bongo préside le Conseil supérieur des Affaires islamiques au Gabon. Il avait failli en être débouté en 2007 à la suite de revendications internes, mais son père l’y a replacé.
Depuis qu’il est ministre de la Défense, Ali Bongo est soupçonné par ses ennemis "de se positionner dans la course à la succession de son père".
Par ailleurs, le PDG a demandé aux militants de s’inscrire massivement sur les listes électorales,
Au cours des précédentes élections tenues au Gabon lors des 15 dernières années, le taux d’abstention a été élevé, révélant l’existence de la fracture entre la direction du parti et ses militants à cause de nombreuses promesses non tenues, note-t-on.